Konklava, kao institucija, postoji od početka 13. veka i nastala je iz nužde. Kada se kardinali nisu mogli dogovoriti o novom papi, lokalno stanovništvo u Peruđi ih je zatvorilo, što je rezultiralo izborom Honorija III 1216. godine. Ovaj događaj označio je početak formalizacije procesa izbora.
Pre 12. veka, izbor pape nije bio isključivo u rukama kardinala; preporuke kraljeva i drugih moćnika su takođe imale značajnu težinu. Papa Aleksandar III je 1179. godine doneo odluku da je potrebna dvotrečinska većina kardinala za izbor. Ipak, postizanje te većine ponekad je bilo izazovno.
Grgur IX bio je najbrže izabrani papa u istoriji, izabran samo dan nakon smrti Honorija III 1227. godine. Ovaj brzi izbor pokazuje kako su se procedure menjale tokom vekova.
U Viterbu, kardinali su se zatvorili 1268. godine, a rasprava o novom papi trajala je rekordno dugo. Građani su intervenisali, prvo zazidavši izlaz, a zatim uklonivši krov palate kako bi ih izložili stihiji. Na kraju, Grgur X je izabran 1271. godine.
Papa Pije X je 1904. godine uveo tajno glasanje među kardinalima, dok je Pije XII kasnije odredio da je potrebna dvotrečinska većina za izbor. Ove promene su dodatno formalizovale proces izbora pape.
Danas, broj kardinala se značajno povećao, a papa Jovan Pavle II bio je prvi koji je primenio pravilo da pravo glasa imaju samo kardinali mlađi od 80 godina. On je takođe odlučio da kardinali ne moraju biti zatvoreni tokom izbora, ali im je zabranjeno korišćenje mobilnih telefona.
