Istraživači iz Centra za upravljanje usevima i bolestima (CCDM) razvili su novu metodu za otkrivanje otpornosti na fungicide, omogućavajući im da otkriju više mutacija, kako poznatih tako i novih, u samo jednom testu.
Uz zajedničko ulaganje Univerziteta Curtin i GRDC, CCDM istraživači su bili u mogućnosti da brzo i precizno otkriju mutacije otpornosti na fungicide koristeći prenosivi uređaj za sekvenciranje DNK pod nazivom MinION iz Okford Nanopore Technologies u Ujedinjenom Kraljevstvu, uključujući nepoznate mutacije koje nisu mogle biti otkrivene tradicionalnim metodama.
Istraživanje je objavljeno u časopisu Naučni izveštaji.
Istraživačica CCDM-a i glavni autor dr Ketrin Zulak rekla je da tradicionalne tehnike za identifikaciju mutacija unutar patogena često uključuju radno intenzivne i dugotrajne procese i ograničene su na skrining samo za prethodno poznate mutacije.
„Mrežasta mrlja od ječma ima dva oblika, mrljasta i mrežasta mrlja, svaki sa svojim skupom različitih mutacija“, rekao je dr Zulak.
„Dalje, određeni ciljni gen koji smo gledali može imati mutacije u dva različita regiona, od kojih oba opet imaju svoj skup mutacija.
„Dakle, svaki put kada trebamo da istražimo uzorak za otpornost na fungicide, prethodno smo morali da izvršimo testove za svaku od ovih mogućih mutacija.
„Da bismo pojednostavili ovaj sve komplikovaniji proces, koristili smo Nanopore MinION za sekvenciranje ciljnih gena fungicida i obezbedili sveobuhvatnu mapu svih mogućih mutacija, koje mogu uključivati one koje ranije nismo identifikovali.
„Na primer, dok smo razvijali ovu metodu, pronašli smo nedavno otkrivenu varijaciju poznate mutacije. Ovo je tip mutacije koja bi mogla proći neprimećena tradicionalnim metodama.“
Dr Zulak je rekao da je potrebno dalje istraživanje i razvoj pre nego što detekcija otpornosti na fungicide na terenu postane stvarnost. Međutim, podaci iz sekvenciranih ciljnih gena mogli bi doprineti nacionalnom resursu koji budući istraživači mogu kontinuirano koristiti.
„Pejzaž otpornosti na fungicide se uvek menja, a ova tehnologija pojednostavljuje naš proces otkrivanja otpornosti na fungicide i osigurava da imamo kapacitet da otkrijemo nove mutacije kako se pojave, što nas stavlja u bolju poziciju da se pozabavimo ovim problemom kako se razvija.
„Dok sekvencioniramo regione unutar genoma patogena, ne samo da prikupljamo podatke za trenutna istraživanja, već i stvaramo resurse za buduća istraživanja. Ove genetske informacije mogu se čuvati u nacionalnim bazama podataka, pružajući referentnu tačku istraživačima u narednim projektima i osiguravajući da budući napori se zasnivaju na našem postojećem znanju“.
Profesor Mark Giberd, direktor CCDM-a, istakao je posvećenost centra traženju novih alata i resursa koji mogu ubrzati i poboljšati sposobnost industrije da se bori sa ovim problemom.
„Inovacija leži u srži našeg istraživačkog centra, a ovaj projekat je odličan primer naše sposobnosti da crpimo inspiraciju iz različitih oblasti kako bismo se suočili sa najznačajnijim izazovima bolesti u industriji žitarica“, rekao je profesor Giberd.
„Ulaganje u istraživanje u Australiji je samo mali deo globalnih ulaganja u istraživanje. Kroz međunarodna partnerstva, zajednička ulaganja i saradnju CCDM-a, uspeli smo da iskoristimo rezultate globalnog istraživanja i razvoja kako bismo doneli inovacije i rešenja svetske klase u korist australijskih poljoprivreda“.
