Hamnei je povređen 28. februara, prvog dana rata koji su započele Sjedinjene Američke Države i Izrael. U tom napadu poginuli su njegov otac, supruga i nekoliko članova porodice. Izvori navode da je Hamneijevo lice unakaženo, a on je zadobio značajne povrede jedne ili obe noge.
Iako se oporavlja, njegovo prisustvo u javnosti nije zabeleženo od napada. Teheran se nije oglašavao o obimu njegovih povreda, dok je na državnoj televiziji jednom opisan kao „džanbaz“, termin za teško ranjene u ratu.
Izjave izvora ukazuju na to da je Hamnei mentalno stabilan i angažovan u donošenju odluka o važnim pitanjima, uključujući rat i pregovore sa Vašingtonom.
Ministar odbrane SAD, Pit Hegset, izjavio je da je Hamnei „ranjen i verovatno unakažen“, što se poklapa sa informacijama iz drugih izvora.
Na iranskim društvenim mrežama često se raspravlja o njegovom odsustvu, uz teorije zavere o njegovom stanju i pitanjima ko zapravo vodi zemlju.
