Istraživači Vanderbilt-Ingram centra za rak pronašli su nove gene koji ljude stavljaju u veći rizik od raka debelog creva i raka rektuma.
Istraživači su sproveli veliku transkriptomsku asocijacijsku studiju (TVAS), zajedno sa alternativnim pristupom nazvanim splicing-TVAS, kako bi ojačali otkrivanje gena. Otkrili su onkogene uloge za dva ranije neprijavljena gena, TRPSI i METRNL, i potvrdili su osetljivost na rak sa još jednim nedavno prijavljenim genom, C14orfl66. Nalazi su objavljeni onlajn 23. avgusta u JNCI: Journal of the National Cancer Institute.
„Da bismo identifikovali nove gene osetljivosti na kolorektalni karcinom, neophodni su stalni napori. U našoj studiji, koristili smo nove velike podatke o sekvenci RNA i koristili TVAS pristup zajedno sa spajanjem TVAS da bismo poboljšali otkrivanje novih gena. Kombinovanjem ovih analiza zasnovanih na populaciji sa funkcionalnim istraživanjima, možemo steći dalji uvid u biološke mehanizme odgovorne za razvoj kolorektalnog karcinoma, što bi moglo pomoći u prevođenju genetskih nalaza za prevenciju i lečenje ovog preovlađujućeg maligniteta“, rekao je viši autor studije, dr Ksingi Guo. D., vanredni profesor medicine i biomedicinske informatike.
Iako je otkriveno da je više od 200 uobičajenih genetskih varijanti povezano sa kolorektalnim karcinomom kroz studije asocijacije na nivou genoma (GVAS), ciljni geni i osnovni biološki mehanizmi za veliku većinu ovih lokusa rizika ostaju nejasni. GVAS identifikovane varijante rizika objašnjavaju samo oko polovine heritabilnosti kolorektalnog karcinoma. TVAS studije mogu dodatno odrediti osetljivost. Alternativni pristup koji su istraživači koristili, spajanje TVAS-a, ostaje uglavnom neistražen za kolorektalni rak.
Istraživači su izvršili sekvenciranje RNK u normalnim tkivima debelog creva i ugradili podatke o genotipizaciji od 423 evropska potomka da bi izgradili modele genetskog predviđanja ekspresije gena i alternativnog spajanja.
Ukupno, istraživači su identifikovali 57 gena povezanih sa rizikom od kolorektalnog karcinoma nakon kombinovanja nalaza iz TVAS i splicing-TVAS studija. Šesnaest od njih nije prijavljeno u GVAS studijama.
Veruje se da je ovo istraživanje prva velika studija koja koristi TVAS pristup za sistematsko istraživanje povezanosti genetski predviđenog alternativnog spajanja sa rizikom od raka debelog creva. Buduće TVAS analize koje koriste ove napredne pristupe će verovatno otkriti dodatne značajne gene za rizik od raka, rekli su istraživači u studiji. Oni su primetili da je ograničenje studije to što je ograničeno na evropsko poreklo i da su potrebna dalja istraživanja kako bi se procenila relevantnost ovih gena u neevropskim populacijama.
