Inovativni softverski alat mogao bi unaprediti patologiju raka pružanjem dijagnostičkih uvida iz biopsija tkiva. Alat, nazvan METI (Morphologi-Enhanced Spatial Transcriptome Analisis Integrator), razvili su istraživači MD Anderson i Emori.
METI pruža platformu za integraciju podataka na osnovu toga kako ćelije u uzorku biopsije izgledaju i kako su organizovane (histologija), kao i koji su geni aktivni unutar njih. Omogućava identifikaciju i kancerogenih ćelija, kao i drugih ćelija, kao što su zdrave ćelije ili imune ćelije koje su migrirale u tumor. Prisustvo imunih ćelija i prostorna organizacija ćelija u uzorku biopsije često su kritični za dijagnozu.
„Ključni doprinos METI-ja je njegova sposobnost da precizno identifikuje tumorske ćelije i druge komponente tumorskog mikrookruženja, integracijom i molekularnih i morfoloških informacija“, kaže ko-stariji autor dr Jian Hu, docent humane genetike na školi Emori medicine i direktor laboratorije AI u Genomici.
Da bi napravio METI, Hu je radio sa Linghua Vangom, MD, Ph.D. i njena laboratorija u Centru za rak MD Anderson, i tim iskusnih patologa. Oni opisuju performanse softvera u radu objavljenom u Nature Communications. Softver je dostupan, sa korisničkim interfejsom za vizuelizaciju podataka, na GitHub-u.
Istraživači su procenili učinak METI-ja na uzorcima biopsije iz karcinoma pluća i bešike od MD Andersona i raka želuca iz bolnice za rak Zhejiang u Kini. Hu kaže da se softver može primeniti na mnoge tipove raka, jer se oslanja na ekspresiju gena i morfološke potpise koji se dele među različitim vrstama raka.
METI je nenadgledana metoda koja uključuje znanje o domenu iz prethodnih publikacija o genomici raka da vodi svoj model mašinskog učenja.
