Predvođeni Helmholcom Minhenom, naučnici su razvili dostupno softversko rešenje posebno dizajnirano za analizu složenih medicinskih zdravstvenih podataka. Softver otvorenog koda pod nazivom „ehrapi“ omogućava istraživačima da strukturiraju i sistematski ispituju velike, heterogene skupove podataka. Softver je dostupan globalnoj naučnoj zajednici za korišćenje i dalji razvoj.
Ehrapi ima za cilj da popuni kritičnu prazninu u analizi zdravstvenih podataka, kaže Lukas Heumos, jedan od glavnih programera i naučnik na Institutu za računarsku biologiju u Helmholc Minhenu i Tehničkom univerzitetu u Minhenu (TUM). „Do sada nije bilo standardizovanih alata za sistematsku i efikasnu analizu raznovrsnih i složenih medicinskih podataka. To smo promenili sa ehrapiom“, rekao je Heumos.
Tim koji stoji iza ehrapi dolazi iz biomedicinskih istraživanja i ima veliko iskustvo u analizi složenih naučnih skupova podataka. „Zdravstveni sektor se suočava sa sličnim izazovima u analizi podataka kao i oni koji rade u laboratorijama“, primetio je Heumos na početku projekta ehrapi.
Studija je objavljena u Prirodna medicina.
Zajedno sa mnogim drugim saradnicima, Heumos je iskoristio svoju stručnost u razvoju naučnog softvera da stvori rešenje za analizu podataka o pacijentima. Heumos je rekao: „Ehrapi može da otkrije nove obrasce i generiše uvide bez potrebe za analizom podataka na osnovu određene pretpostavke ili hipoteze. Ovaj istraživački pristup, kaže Heumos, je jedinstvena karakteristika ehrapije.
Ehrapi omogućava istraživačima da sortiraju, grupišu i analiziraju velike, heterogene i složene skupove podataka bez ikakvih već postojećih hipoteza. Ovo otvara nove uvide koji se zatim mogu dalje istraživati.
Heumos je objasnio: „Istraživački pristup donosi nove perspektive u analizu zdravstvenih podataka. Zbog njihove složenosti i heterogenosti, ovi podaci se često ne analiziraju efikasno koliko bi mogli biti.“ Ehrapi tako otvara nove puteve da zdravstvene podatke učini korisnijim za medicinska istraživanja i praksu.
Ehrapi je od početka dizajniran kao softver otvorenog koda. „Bilo nam je važno da softver od prvog dana učinimo dostupnim naučnoj zajednici“, naglasio je Heumos.
Softver je dostupan kao Pithon paket na GitHub-u, onlajn platformi za razvoj softvera, i mogu ga koristiti i dalje razvijati istraživači širom sveta.
Trenutno, ehrapi se fokusira na efikasnu i brzu analizu skupova istraživačkih podataka, kao što su oni koji se čuvaju u velikim zdravstvenim istraživačkim centrima. „Rutinska upotreba u kliničkoj praksi je dugoročni cilj, ali za sada se koncentrišemo na to da istraživačkoj zajednici pružimo moćan alat“, rekao je Heumos.
U budućnosti, tim planira da obezbedi standardizovane baze podataka za elektronske zdravstvene kartone (EHR). Ove baze podataka će omogućiti bolju integraciju i analizu velikih količina medicinskih podataka. Pored toga, ovo će olakšati razvoj EHR atlasa koji mogu poslužiti kao referentni skupovi podataka za kontekstualizaciju i označavanje novih skupova podataka.
„Ehrapi omogućava sveobuhvatnu analizu podataka u svim sistemima, što može biti ključni korak za buduće sisteme veštačke inteligencije u medicini. Stoga se nadam relativno brzom usvajanju na različitim lokacijama“, kaže prof. Fabian Theis, direktor Instituta za računarsku biologiju u Helmholcu Minhen i profesor TUM-a. „Uspostavljanje ovakvih tehnologija u medicini je dugotrajan proces koji može trajati decenijama. Naš cilj je da premostimo jaz između biomedicinskih istraživanja i praktične primene u medicini.“
Tajs dalje objašnjava da se razvojni tim fokusira na istraživačke metode analize podataka u holističkom obliku kako bi se lakše otkrile skrivene veze i dodao: „Takođe pokušavamo da podržimo akademske i komercijalne igrače u sektoru zdravstvene zaštite.“
