Nepoznate klice su česta pojava u bolnicama. Istraživači sa Univerziteta u Bazelu proveli su mnogo godina sakupljajući i analizirajući ih. Identifikovali su mnoge nove vrste bakterija, od kojih su neke značajne za kliničku praksu.
Bakterijske infekcije se mogu efikasnije lečiti ako je poznat uzrok bolesti. U većini slučajeva, sve što je potrebno za identifikaciju patogena je analiza u medicinskoj laboratoriji. Ponekad, međutim, standardne metode nisu dovoljne — na primer, ako vrsta bakterija još nije klasifikovana ili je posebno teško uzgajati.
Tim sa Univerziteta u Bazelu i Univerzitetske bolnice u Bazelu od 2014. prikuplja i analizira uzorke pacijenata koji sadrže takve nepoznate klice. Istraživači su otkrili više od 30 novih vrsta bakterija, od kojih su neke povezane sa klinički relevantnim infekcijama. Rad je objavljen u časopisu BMC Microbiologi.
Sve u svemu, tim predvođen mikrobiologom dr Danijelom Goldenbergerom analizirao je 61 nepoznati bakterijski patogen pronađen u uzorcima krvi ili tkiva pacijenata sa širokim spektrom zdravstvenih stanja.
Konvencionalne laboratorijske metode, poput masene spektroskopije ili sekvenciranja malog dela bakterijskog genoma, nisu uspele da daju rezultate za sve ove izolate. Zbog toga su istraživači sekvencionirali kompletan genetski materijal bakterija metodom koja je dostupna tek nekoliko godina. Zatim su uporedili identifikovane sekvence genoma sa poznatim sojevima u onlajn alatu.
Od 61 analizirane bakterije, 35 je ranije bilo nepoznato. Istraživači su klasifikovali preostalih 26 sojeva kao teško identifikovane: ili su njihove sekvence genoma tek nedavno dodate u baze podataka ili je tačan taksonomski opis patogena stvoren tek pre vrlo kratkog vremena.
Procena podataka o pacijentima pokazala je da je sedam od 35 novih sojeva klinički relevantno, što znači da mogu izazvati bakterijske infekcije kod ljudi. „Takve direktne veze između novoidentifikovanih vrsta bakterija i njihovog kliničkog značaja retko su objavljivane u prošlosti“, rekao je dr Goldenberger.
Većina novoidentifikovanih vrsta pripada rodovima Corinebacterium i Schaalia, oba gram-pozitivna bacila. „Mnoge vrste iz ova dva roda nalaze se u prirodnom mikrobiomu ljudske kože i sluzokože. Zbog toga se često potcenjuju, a istraživanja o njima su retka“, objasnio je dr Goldenberger. Oni, međutim, mogu izazvati infekcije kada uđu u krvotok – zbog tumora, na primer.
Jedan od patogena koji je teško identifikovati može biti i klinički relevantan. Pronađen je u upaljenom palcu pacijenta nakon ujeda psa. Kanadska istraživačka grupa je takođe nedavno izolovala ovu bakteriju iz rana uzrokovanih ujedom pasa ili mačaka.
„Ovo nas je navelo da pretpostavimo da je to novi patogen koji treba da pratimo“, rekao je dr Goldenberger. Kanadski istraživači su na odgovarajući način nazvali bakteriju Vandammella animalimorsus (životinjski ugriz Vandammella) 2022. godine.
Imenovanje njihove nove vrste je takođe sledeća stavka na listi obaveza Bazelskog tima. Oni blisko sarađuju sa profesorom Piterom Vandamom sa Univerziteta u Gentu, specijalistom za klasifikaciju bakterija. Dve bakterije su već imenovane. Jedan je Pseudoclavibacter triregionum — koji se odnosi na lokaciju Bazela u blizini granica Švajcarske, Francuske i Nemačke.
Međutim, projekat koji je započeo tim Daniela Goldenbergera daleko je od završenog. Istraživači nastavljaju da sistematski prikupljaju i sekvenciraju nepoznate patogene pronađene u uzorcima pacijenata iz Univerzitetske bolnice u Bazelu – već je otkriveno još dvadeset i više novih vrsta.
„Ovde smo primetili veliku dinamiku: zahvaljujući tehnološkom napretku u bakteriologiji, mnogo više se objavljuje o novootkrivenim vrstama bakterija“, objasnio je dr Goldenberger. Ovaj razvoj će u budućnosti olakšati ispravnu dijagnozu infekcija uzrokovanih retkim patogenima i njihovo efikasno lečenje od samog početka.
