Naučnici veruju da su slepi miševi prvi put preneli SARS-CoV-2 na ljude u decembru 2019. godine, i dok je virus od tada evoluirao u nekoliko varijanti kao što su delta i omikron, nova studija ukazuje da je virus i dalje veoma prenosiv između sisara. Istraživači sa Rochester Institute of Technologi (RIT) razvili su kompjuterske simulacije koje pokazuju da koronavirusi koriste svoje šiljaste proteine da se vežu za ćelije domaćina i kod slepih miševa i kod ljudi na skoro isti način.
Nalazi su objavljeni u studiji Roial Societi Open Science od strane nedavnog studenta RIT-a Madhusudana Rajendrana ’22 MS (bioinformatika) i vanrednog profesora Gregorija Babbitta sa Thomas H. Gosnell School of Life Sciences. Proučavali su kako proteini virusnih šiljaka u nekoliko varijanti SARS-CoV-2 interaguju sa receptorima ćelije domaćina poznatim kao ACE2 i kod ljudi i kod raznih slepih miševa iz roda Rhinolophus. Bebit je rekao da su rezultati iznenađujući.
„Nadali smo se da ćemo videti zaista kul adaptivnu evoluciju kako se virus više navikao na ljude, a manje na slepe miševe, ali smo zapravo videli da nije bilo mnogo promena“, rekao je Bebit.
„Pošto ovo mesto vezivanja nije mnogo evoluiralo, nema mnogo toga da ga spreči da se prenosi sa ljudi na slepe miševe. Ako pogledate filogenetske odnose slepih miševa i ljudi, mi smo prilično udaljeni na stablu sisara. Dakle, to sugeriše da bi postojala prilično rasprostranjena infektivnost među vrstama, a literatura je pokazala da postoji mnogo dokaza o tome.“
Naučnici su koristili metod kompjuterske simulacije koji se zove molekularna dinamika da bi proteine stavili u solvatnu simulaciju i zatim gledali kako se kreću. Pristup koristi računarstvo visokih performansi na grafičkim procesorima da pokaže šta svaki atom radi tokom vremena. Bebit je rekao da ovaj pristup omogućava naučnicima da proučavaju pitanja na koja se ne može odgovoriti u tradicionalnoj laboratoriji.
„Bilo bi opasno raditi eksperimente u kojima smo ponovo inficirali slepe miševe ljudskim virusnim sojevima, tako da su naše kompjuterske simulacije ponudile mnogo sigurniju alternativu“, rekao je Bebit.
