Istraživanja u biomedicinskim laboratorijama su se poslednjih godina značajno promenila, do te mere da su epruvete u mnogim prilikama ustupile mesto kompjuterima. U tom kontekstu, mnoga otkrića sada počinju detaljnim proučavanjem molekularnih i ćelijskih baza podataka, nakon čega sledi validacija i proširenje ovih nalaza kroz eksperimente sprovedene u klasičnom belom laboratorijskom mantilu, i konačno prevođenjem ovog znanja u klinička okruženja, zahvaljujući profesionalci u belim mantilima u bolnicama.
Takozvani „inženjering baza podataka“ otvorio je vrata biomedicinskim istraživanjima mnogim kompjuterskim naučnicima i matematičarima, koji često igraju bitne uloge na ovoj šahovskoj tabli.
Članak objavljen u časopisu Leukemia koji vodi dr Manel Esteller, ICREA istraživački profesor na Institutu za istraživanje leukemije Josep Carreras (IJC) i predsjedavajući genetike na Medicinskom fakultetu Univerziteta u Barseloni, pruža novi primjer moći bioinformatiku tako što je naučnoj zajednici učinio dostupnim epigenetske mape više od 200 ćelijskih linija izvedenih iz različitih maligne bolesti krvi i njihovih povezanih organa, kao što su leukemija i limfom.
Dr Esteller objašnjava da je tim dobio „epigenetske profile najobimnije kolekcije kultiviranih ćelija izvedenih iz transformisanih ćelija u krvotoku, koštanoj srži i limfnim čvorovima do sada, ispitujući u njima preko 800.000 mesta modifikacije genoma zbog metilacija DNK.“
Ovo uključuje i ljudske i mišje maligne uzorke, čineći dobijene obrasce potencijalno korisnim osnovnim, primenjenim i kliničkim istraživačima.
Esteller takođe naglašava da je „posebno važna stvar to što su epigenomi koje smo dobili veoma slični epigenomima primarnih tumora pacijenata“, što znači da, korišćenjem računarskih algoritama, ova baza podataka može poslužiti kao referenca za dijagnostikovanje raka krvi kada postoje sumnje o njegovom identitet i klasifikacija.
„Ranije smo dokazali uspeh ove metode kod tumora mozga i sarkoma“, kaže dr Esteler.
Pored čiste karakterizacije epigenoma malignih ćelija, studija je takođe uporedila epigenetske podatke sa informacijama o osetljivosti preko 300 lekova, tako da „sada poseban algoritam može predvideti koja epigenetska lezija je povezana sa osetljivošću ili otpornošću na lekove“, važna prekretnica za klinička istraživanja prema dr Esteleru.
Zajedno sa širokom dostupnošću podataka, postavljenih u onlajn javna skladišta, istraživački tim je uveren da će prijavljena karakterizacija povezana sa osetljivošću na lekove biti dragocena prednost za pravilno identifikovanje tumora nepoznatog porekla i pomoći u odlučivanju o najboljoj terapijskoj opciji.
Dr Aleik Noguera-Castells je prvi autor rada i sarađivao je sa laboratorijom dr Josep Maria Ribera, takođe sa Instituta Josep Carreras.
