Brđanin je osuđen na 30 godina u Haškom tribunalu, a nakon 23 godine provedene u zatvoru pušten je na slobodu zbog teškog zdravstvenog stanja . Po dolasku u Banjaluku, Brđanin je smešten je u Univerzitetsko-klinički centar Republike Srpske .
Brđaninu je u nekoliko navrata predsednik suda Karmel Ađijus odbio zahteve za puštanje na privremenu slobodu iako je Brđanin formalno ispunio uslove.
Nakon presude Haškog tribunala Brđanin je kaznu služio u Danskoj, odakle je prebačen u pritvor Haškog mehanizma za međunarodne krivične sudove iz zatvora u Danskoj 14. septembra prošle godine.
Razlog za njegovo prebacivanje je bio taj što je Danska obavijestila sud u Hagu da je prema svim njihovim zakonima Brđanin ispunio uslove da ga puste na slobodu i da više nemaju pravo da ga drže u zatvoru. Tada su poručili da on više u Danskoj ne može da izdržava kaznu jer bi time prekršili njegova ljudska prava.
On je u Sheveningenu trebalo da ostane sve dok uprava Mehanizma za krivične sudove u Hagu ne napravi sporazum sa nekom drugom zemljom u koju će biti prebačen na izdržavanje ostatka kazne ili da ga puste na slobodu.
Brđanin je prvi ministar građevinarstva, saobraćaja i komunalnih delatnosti Republike Srpske i potpredsednik Vlade RS.
Po uvođenju višepartijskog političkog sistema postao je član SDS-a. Izabran je 1991. za potpredsednika Skupštine zajednica opštine SAO Krajine, a iste godine izabran je za poslanika u Narodnoj skupštini Republike Srpske.
Nakon rata, Brđanin je bio predsednik Narodne stranke Republike Srpske sve do njegovog hapšenja u julu 1999. godine i odvođenja u Hag pod optužbom da je odgovoran za zločine u Krajini.
