Istraživači sa Sveobuhvatnog centra za rak Dan L Duncan Medicinskog koledža Bejlor i Centra za sekvenciranje ljudskog genoma istražili su u kojoj meri oblici genetske varijacije zvane zametna linija ili nasleđene strukturne varijacije utiču na ekspresiju gena kod raka kod ljudi. Nalazi, objavljeni u časopisu Cell Reports Medicine, pokazuju da specifične strukturne varijacije zametne linije predstavljaju potencijalne kandidate za genetsko testiranje raka, uključujući i one koji uključuju gene sa terapijskim ciljanim implikacijama.
„Strukturne varijacije su jedna vrsta genomske varijacije i mogu biti korisne, neutralne ili, ako utiču na funkcionalno relevantne regione genoma, mogu ozbiljno uticati na funkciju gena i doprineti bolestima, uključujući rak“, rekao je odgovarajući autor dr Čed Krejton, prof. medicine i ko-direktor bioinformatike raka u Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center u Bejloru.
Strukturne varijacije su veće razlike u genomu koje se javljaju kada se deo DNK duplira, briše ili menja, što može uticati na genetske instrukcije kodirane u DNK i uticati na ekspresiju obližnjih gena. Prethodne studije koje su vodili istraživači su pokazale da strukturne varijacije koje se javljaju u specifičnim tipovima ćelija, kao što su ćelije dojke, mogu snažno uticati na ekspresiju gena na načine koji doprinose transformaciji zdrave ćelije dojke u ćeliju raka.
„Poznato je da strukturne varijacije zametne linije takođe mogu doprineti molekularnom profilu karcinoma“, rekao je Krejton. „Ovde proučavamo stepen njegovog doprinosa.
Istraživači su radili sa podacima koje je razvio konzorcijum Pan-Cancer Analisis of Vhole Genomes, koji uključuje podatke sekvenciranja čitavog genoma od 2.658 karcinoma u 38 tipova tumora koji uključuju 20 glavnih tkiva porekla. Tim je integrisao ove podatke sa podacima o RNK da bi identifikovao gene čija je ekspresija bila povezana sa strukturnim varijacijama obližnje zametne linije.
„Otkrili smo da većina gena povezanih sa strukturnim varijacijama zametne linije ne mora nužno imati specifične uloge u raku, ali za neke gene varijacija ekspresije može biti povezana sa drugim uslovima“, rekao je Krejton. „Istovremeno, nekoliko gena pogođenih strukturnim varijacijama zametne linije moglo bi da doprinese raku, na primer, ako ovi geni imaju uspostavljenu vezu sa rakom ili povezanost sa preživljavanjem pacijenata.“
Ova studija pokazuje da bi strukturne varijacije zametne linije predstavljale normalnu klasu genetskih varijacija koje se prenose kroz generacije i da mogu igrati značajnu ulogu u razvoju raka. Istraživači predlažu da bi podskup gena sa asocijacijama relevantnim za rak koji se javljaju u ovoj studiji predstavljao jake kandidate za dalje istraživanje njihove vrednosti u genetskom testiranju.
