Istraživači iz Ujedinjenog Kraljevstva se nadaju da će se nova, javno dostupna baza podataka koju su kreirali vremenom smanjiti, a ne rasti. To je zato što je to zbirka hiljada nedovoljno proučavanih proteina kodiranih genima u ljudskom genomu, čije je postojanje poznato, ali čije funkcije uglavnom nisu.
Baza podataka, nazvana „unknome“, delo je Metjua Frimena sa Patološke škole Dunn, Univerziteta u Oksfordu, Engleska, i Šona Munroa iz MRC Laboratorije za molekularnu biologiju u Kembridžu, Engleska, i kolega, i opisana je u časopis otvorenog pristupa PLOS Biologija . Njihova sopstvena istraživanja podskupa proteina u bazi podataka otkrivaju da većina doprinosi važnim ćelijskim funkcijama, uključujući razvoj i otpornost na stres.
Sekvenciranje ljudskog genoma jasno je pokazalo da on kodira hiljade verovatnih proteinskih sekvenci čiji su identiteti i funkcije još uvek nepoznati. Postoji više razloga za to, uključujući tendenciju da se oskudni dolari za istraživanje fokusiraju na već poznate mete i nedostatak alata, uključujući antitela, za ispitivanje ćelija o funkciji ovih proteina. Ali rizici ignorisanja ovih proteina su značajni, tvrde autori, jer je verovatno da neki, možda mnogi, igraju važnu ulogu u kritičnim ćelijskim procesima, i mogu obezbeđivati uvid i ciljeve za terapijsku intervenciju.
Da bi promovisali brže istraživanje takvih proteina, autori su kreirali bazu podataka unknome (vvv.unknome.org), koja svakom proteinu dodeljuje ocenu „poznatosti“, odražavajući informacije u naučnoj literaturi o funkciji, očuvanju među vrstama, subćelijskoj kompartmentalizaciji , i drugi elementi.
Na osnovu ovog sistema, postoji mnogo hiljada proteina čija je poznatost skoro nula. Uključeni su proteini iz modelnih organizama, zajedno sa onima iz ljudskog genoma. Baza podataka je otvorena za sve i prilagodljiva, omogućavajući korisniku da obezbedi sopstvene težine različitim elementima, generišući na taj način sopstveni skup ocena poznatosti kako bi dao prioritet sopstvenom istraživanju.
Da bi testirali korisnost baze podataka, autori su odabrali 260 gena kod ljudi za koje su postojali uporedivi geni kod muva, i koji su imali rezultate od 1 ili manje kod obe vrste, što ukazuje da se o njima gotovo ništa ne zna. Za mnoge od njih, potpuni nokaut gena bio je nekompatibilan sa životom u letu; delimični nokdauni ili nokdauni specifični za tkivo doveli su do otkrića da veliki deo doprinosi esencijalnim funkcijama koje utiču na plodnost, razvoj, rast tkiva, kontrolu kvaliteta proteina ili otpornost na stres.
Rezultati sugerišu da, uprkos decenijama detaljnog proučavanja, postoje hiljade gena muva koje treba razumeti čak i na najosnovnijem nivou, a isto je očigledno i za ljudski genom. „Ovi neokarakterisani geni nisu zaslužili njihovo zanemarivanje“, rekao je Munro. „Naša baza podataka pruža moćnu, raznovrsnu i efikasnu platformu za identifikaciju i odabir važnih gena nepoznate funkcije za analizu, čime se ubrzava zatvaranje jaza u biološkom znanju koje predstavlja unknome.
Munro dodaje: „Uloga hiljada ljudskih proteina ostaje nejasna, a ipak istraživanja imaju tendenciju da se fokusiraju na one koji su već dobro shvaćeni. Da bismo pomogli u rešavanju ovog problema, kreirali smo Unknome bazu podataka koja rangira proteine na osnovu toga koliko se malo zna o njima, a zatim izvršio funkcionalne ekrane na izboru ovih misterioznih proteina kako bi pokazao kako neznanje može dovesti do biološkog otkrića.“
