Softver otkriva fenotipsku raznolikost u novomeksičkim čili paprikama

Softver otkriva fenotipsku raznolikost u novomeksičkim čili paprikama

Novi Meksiko je jedan od najvećih proizvođača čili paprike (Capsicum spp.) u Sjedinjenim Državama, sa 51.000 tona proizvodnje u 2021. sa površine od 8.500 hektara sa prosečnom produktivnošću od 6 tona po hektaru prema Nacionalnom ministarstvu poljoprivrede SAD Služba za statistiku poljoprivrede. Prosečna produktivnost je smanjena za 25% pošto je površina zasađena za proizvodnju čili paprike ostala ista. Ovo je rezultiralo smanjenjem ekonomske aktivnosti od skoro 10% u 2020. u poređenju sa prethodnom godinom, sa 50,1 miliona dolara na 44,9 miliona dolara. Ovaj značajan pad u ukupnoj proizvodnji čili paprike u državi podstakao je naučnike na nove napore modernizacije usmerene na ubrzanje genetskog dobitka i poboljšanje produktivnosti u NMSU čileanskom programu uzgoja i genetike paprike procenom različitih osobina povezanih sa prinosom i potencijalom prinosa korišćenjem visoko- alati za fenotipizaciju protoka kao što je Tomato Analizer (TA).

Arhitektura voća i osobine vezane za morfologiju su među determinantama raznovrsnosti voća i glavni su doprinosi prinosu i potencijalu prinosa čili paprike. Koristeći softver TA, naučnici su prikupili podatke o skupu atributa voća, uključujući perimetar voća, indekse oblika, veličinu i asimetriju u kolekciji različitih linija čili paprike procenjenih u uslovima uzgoja u Novom Meksiku.

Istraživači su imali za cilj da okarakterišu 105 genotipova panela raznolikosti Capsicum koji se sastoji od sorti, linija za razmnožavanje, landrasa i divljih vrsta koje pripadaju 12 različitih vrsta mahuna (voća), za 32 morfometrijska TA deskriptora. Hijerarhijska klaster analiza grupisala je genotipove u osam klastera na osnovu TA deskriptora. Osnovna merenja – naime, perimetar, površina, širina, srednja visina, maksimalna širina, visina, srednja širina, maksimalna visina i zakrivljena visina – bili su najdiskriminatorniji deskriptori sa maksimalnim doprinosom ukupnom obliku ploda.

Pokazana je korisnost morfometrijskih TA deskriptora, koje je teško izmeriti konvencionalnom fenotipizacijom. Nekoliko sorti sa željenim oblikom i morfologijom ploda na osnovu klaster analiza preporučeno je kao roditeljske linije za hibridizaciju radi poboljšanja prinosa u programima oplemenjivanja čili paprike. Rezultati koji koriste TA za merenje osobina vezanih za voće će obezbediti osnovu za proučavanje asocijacija na nivou genoma i genomsku selekciju za prinos i osobine koje doprinose prinosu u novomeksičkoj čili paprici.