Kineska borovnica, Mirica rubra, je suptropsko voće veoma cenjeno zbog svog karakterističnog ukusa, nutritivnih prednosti i ekonomskog značaja. Međutim, prethodnim sklopovima genoma nedostajao je kontinuitet sekvence, što je ometalo sveobuhvatne genetske studije. Zbog ovih izazova, bilo je neophodno detaljno ispitivanje genetskih faktora koji utiču na kvalitet ploda borovnice.
Istraživači iz Državne ključne laboratorije za upravljanje biotičkim i hemijskim pretnjama po kvalitet i bezbednost agroproizvoda došli su do monumentalnog otkrića. Njihov rad, objavljen 30. januara 2024. u časopisu Horticulture Research, opisuje sastavljanje referentnog genoma T2T za sortu „Zaojia“ i studiju o asocijaciji na nivou genoma (GVAS) koja otkriva genetske faktore koji utiču na kvalitet ploda borovnice.
Studija je koristila PacBio HiFi long reads za sastavljanje T2T genoma od 292,60 Mb za sortu borovnice „Zaojia“, značajno poboljšavajući kontinuitet genoma. Istraživači su identifikovali 6.649.674 polimorfizma pojedinačnih nukleotida (SNP) i izvršili GVAS na 173 pristupa, povezujući 1.937 SNP-a sa 1.039 gena povezanih sa 28 osobina kvaliteta voća. Posebno je utvrđeno da SNP klaster na hromozomu 6 reguliše boju ploda, uključujući dva MIB gena i proteinski gen sličan MLP-u koji je povećao proizvodnju antocijanina.
Ova studija pruža sveobuhvatan genetski resurs za buduće programe uzgoja bobica, fokusirajući se na osobine kao što su boja ploda, veličina i nutritivni sadržaj.
Dr Shuven Zhang, vodeći istraživač, izjavio je: „Ovaj proboj u sastavljanju referentnog genoma bez praznina za kinesku borovnicu otvara nove puteve za genetska istraživanja i uzgoj. Naši nalazi o genetskim determinantama osobina kvaliteta voća značajno će poboljšati efikasnost programi oplemenjivanja, što dovodi do poboljšanih sorti baiberri sa boljom bojom, veličinom i nutritivnim profilima.“
Završetak ovog referentnog genoma i identifikacija ključnih genetskih varijacija imaju duboke implikacije na uzgoj i kultivaciju bobica. Genetski uvidi dobijeni iz ove studije će olakšati razvoj molekularnih markera za ciljano oplemenjivanje, omogućavajući odabir vrhunskih osobina voća.
Na kraju, ovo istraživanje će doprineti proizvodnji visokokvalitetnih bobica, od čega će imati koristi i proizvođači i potrošači. Nalazi takođe pružaju vredan genetski resurs za proučavanje drugih srodnih vrsta, unapređujući polje hortikulturne genomike.
