Objavljena baza podataka genoma za biljke tolerantne na isušivanje

Objavljena baza podataka genoma za biljke tolerantne na isušivanje

Isušivanje je obično fatalno za biljna vegetativna tkiva, ali mali broj kopnenih biljaka je evoluirao toleranciju na vegetativnu isušivanje (VDT), što im omogućava da se osuše bez umiranja kroz proces koji se naziva anhidrobioza.

VDT biljke omogućavaju ravnotežu potencijala vode svojih ćelija sa potencijalom vazduha i mogu tolerisati vodne potencijale tkiva od -100 MPa i niže. Napredak u tehnologijama sekvenciranja omogućio je istraživanje genoma za biljke tolerantne na isušivanje tokom protekle decenije. Međutim, vredne genske i genomske resurse u tim biljkama treba dalje istražiti.

Nedavno je istraživačka grupa koju je predvodio Zhang Daoiuan na Institutu za ekologiju i geografiju Sinđianga Kineske akademije nauka uspostavila bazu podataka genoma „Sušenje bez umiranja“ za biljke koje su tolerantne na isušivanje. Studija je objavljena u Plant Phisiologi.

Baza podataka genoma sadrži genomske i transkriptomske resurse za ukupno 26 biljnih genoma povezanih sa VDT (uključujući 10 mahovina). Često korišćeni alati za bioinformatičku analizu, kao što su BLAST, homolog i funkcionalna pretraga, statistika obogaćivanja GO/KEGG, ekstrakcija profila ekspresije i modula koekspresije i genoma JBrovser, ugrađeni su u bazu podataka, olakšavajući buduću analizu i istraživanje genetičkih informacija za VDT biljke .

Sprovođenjem prilagođenih statističkih analiza porodice PFAM, istraživači su otkrili da se porodica ABA transportera AVPM-19 koja reaguje na sušu značajno tandemski duplira kod svih briofita, ali retko kod traheofita.

Analiza varijacija prisustva i odsustva biosintetskih gena favonoida dala je primer otiska koji ilustruje divergenciju u evoluciji genoma i metaboličke karakteristike između angiospermi i biljaka bez semena. Transkriptomski profili zajedno sa funkcionalnim analizama takođe su podržali divergentnu evoluciju VDT između briofita i angiospermi.

Nalazi ove studije dali su genomske i transkriptomske dokaze koji podržavaju moguću divergenciju i evoluciju VDT-a u biljkama specifičnu za lozu.