Genomski nadzor virusa SARS-CoV-2 u razvoju bio je od suštinskog značaja za upravljanje pandemijom COVID-19, pomažući istraživačima da identifikuju nove varijante, prate njihovu cirkulaciju i kreiraju nove vakcine koje ciljaju na najčešće varijante u nastajanju. Isti pristup se primenjuje i pri izradi godišnjih vakcina protiv gripa.
Ovaj rad, međutim, zahteva strukturirani sistem imenovanja za nove varijante tako da svi koji proučavaju i prate viruse mogu biti na istoj stranici, govoreći isti jezik. Do danas, virusu denga — najčešća bolest koju prenose komarci širom sveta, sa više od 12 miliona prijavljenih slučajeva već ove godine — nedostaje efikasan sistem imenovanja.
Ali istraživači i naučnici sa Jejla u 14 drugih zemalja uspostavili su novi sistem linija denga groznice koji će, kažu, omogućiti bolje praćenje i poboljšati razvoj vakcine. Nedavno su opisali novi sistem u studiji objavljenoj u časopisu PLOS Biologi.
Virus denga prenose komarci i može izazvati visoku temperaturu, bolove u glavi i telu, mučninu i osip kod zaraženih osoba. Takođe može biti fatalan u teškim slučajevima.
Dok je denga najčešća u tropskim i suptropskim klimama, epidemije u tim regionima su se povećale poslednjih godina, a denga se sada proširila i van tih regiona. Svetska zdravstvena organizacija (SZO) je 2023. godine dokumentovala skoro 4,6 miliona slučajeva infekcije denga groznice u Americi – regionu koji je najviše pogođen virusom.
Do sada ove godine, SZO je dokumentovala više od 11,7 miliona. Zemlje koje obično nisu videle slučajeve denga, kao što su Sjedinjene Države i Italija, sada jesu.
„Iz perspektive javnog zdravlja i iz perspektive razvoja vakcine, podaci o genomskom nadzoru virusa denga groznice su kritično potrebni“, rekao je Nathan Grubaugh, vanredni profesor epidemiologije (mikrobne bolesti) na Iale School of Public Health (ISPH) i stariji autor studije . „Ali do sada je način na koji smo organizovali genomske podatke o virusu denga bio suviše širok da bi ponudio korisne informacije.
Da bi dostupni podaci bili korisniji, istraživači su ih obično podelili u manje kategorije. Ali različite zemlje i istraživačke grupe su razvile zasebne sisteme, što znači da istraživači mogu koristiti različita imena za istu varijantu, što komplikuje napore u praćenju.
Biti na istoj strani bilo je važno, kaže Grubaugh, posebno sa sve većim brojem infekcija denga groznice na globalnom nivou i pojavom novih vakcina.
Grubaugh i Veriti Hill, naučni saradnik na Odeljenju za epidemiologiju na ISPH i vodeći autor studije, obratili su se kolegama širom sveta kako bi stvorili radnu grupu za dizajniranje novog sistema imenovanja. Zatim su predložili dizajn na nekoliko međunarodnih konferencija i našli univerzalnu podršku.
U suštini, Hil je uzeo sve svetske podatke o sekvenciranju genoma virusa denga, ažurirao standardne definicije onoga što se kvalifikovalo kao poseban genotip, a zatim dodao dve nove kategorije podgenotipa — glavne i manje loze. Prelazak sa širokih kategorija na uže znači da će nove potencijalno štetne varijante biti lakše proučavati.
„Sa širokim kategorijama, može izgledati kao da su regioni pogođeni samo jednom ili dve verzije virusa“, rekao je Hil. „Ali sa ovom povećanom rezolucijom, počinjemo da vidimo brojne loze koje kruže po regionima.“
Međunarodne kolege se slažu da će ovaj novi sistem biti od suštinskog značaja za efikasno praćenje ove rastuće virusne pretnje.
„Novi sistem roda koji smo razvili pruža ključno sredstvo za razumevanje genetske raznolikosti virusa denga i poboljšava našu sposobnost da pratimo širenje i evoluciju virusa“, rekao je Anderson F. Brito, virolog sa Instituta za zdravlje u Sao Paulu, Brazil, koautor studije i bivši postdoktorski istraživač na ISPH.
„U zemljama kao što je Brazil, gde je denga ozbiljan izazov za javno zdravlje, ovaj sistem pomaže u identifikaciji novih loza i boljem predviđanju uticaja epidemije. Pored toga, omogućava nam da pratimo kako virusne loze mogu uticati na efikasnost nove vakcine protiv denga denge, prvih meseci primene. pre u Brazilu.“
Istraživači su takođe pokrenuli veb stranicu preko koje drugi mogu pronaći informacije o novom sistemu imenovanja, pristupiti istraživačkim resursima i predložiti nove loze zasnovane na sopstvenom genomskom radu.
„Imaćemo komitet koji se sastaje svake godine da odredi nove loze na osnovu dostavljenih podataka“, rekao je Hil.
