Naučnici u Ekvadoru razvili su novu metodu za otkrivanje i dijagnosticiranje virusa koji uništava useve babaca, voćke od ekonomskog značaja za lokalne farmere.
Tim, na Univerzitetu San Francisko de Kito u Ekvadoru, razvio je prajmere specifične za vrstu i rod za otkrivanje Babaco virus mozaika (BabMV) i njegovih najbližih srodnika pomoću RT-PCR i RT-kPCR.
Istraživanje je opisano u članku „Razvoj novih prajmera specifičnih za vrstu i rod za detekciju Babaco virusa mozaika (BabMV)“, koji se pojavljuje u Letters in Applied Microbiologi.
Novi prajmeri će doprineti tačnom otkrivanju ovog virusa i boljem upravljanju usevom babaca u Ekvadoru, kaže dopisni autor dr Marija de Lurd Tores.
Babaco (Vasconcellea heilbornii var. Pentagona Badillo) je sterilna, hibridna sorta porodice Caricaceae koja je nastala kao rezultat međuvrstnog ukrštanja Carica pubescens (chamburo) i Carica stipulata (toronche). Poreklom je iz suptropskih regiona Ekvadora i Kolumbije, rekla je ona.
„Njegov plod ima visok sadržaj hranljivih sastojaka i delikatan kiseli ukus i aromu, što ga čini privlačnim za međunarodnu komercijalizaciju. Proizvodnja babaca je jedan od glavnih izvora prihoda za stotine porodica u ekvadorskom visoravni“, rekao je dr Tores.
„Na biljke babaca utiče nekoliko fitopatogena koji izazivaju značajne gubitke useva. Posebnu zabrinutost izazivaju virusi jer ne samo da smanjuju prinos useva i oštećuju plodove, već i skraćuju životni vek biljaka. Ovo pitanje izaziva veliku zabrinutost među uzgajivačima babaca. Ovo pitanje izaziva veliku zabrinutost među uzgajivačima babaca.
„Pretnja koju virusi, posebno Babaco Mosaic Virus (BabMV), predstavljaju za proizvodnju useva babaco čini neophodnim da se razviju efikasne tehnike otkrivanja i dijagnostike kako bi se promovisala proizvodnja useva i unapredila ekonomija lokalnih farmera u Ekvadoru.
Tim je razvio nove prajmere specifične za vrstu za otkrivanje BabMV koji cilja na 165 bp region proteina omotača (CP). Prajmeri specifični za rod su dizajnirani da validiraju prajmere specifične za vrstu i potvrde njihovu sposobnost da razlikuju BabMV i njegove najbliže srodnike. Ovi prajmeri su ciljali na fragment CP regiona od 175 bp.
Odabrani su najefikasniji setovi prajmera za lančanu reakciju polimeraze reverzne transkripcije (RT-PCR) i kvantitativnu lančanu reakciju polimeraze reverzne transkripcije (RT-kPCR) zasnovanu na SIBR Greenu u simptomatskim i asimptomatskim biljkama babaco.
Među 28 testiranih biljaka, 25 je bilo pozitivno, a tri negativno na BabMV korišćenjem prajmera specifičnih za vrstu i rod u RT-PCR i RT-kPCR, dok je korišćena PapMV pozitivna kontrola otkrivena sa prajmerima specifičnim za rod i bila je negativna za prajmeri specifični za vrstu.
Naučnici su na ovaj način standardizovali protokol koji bi mogao da se koristi za otkrivanje BabMV i njegovih najbližih srodnika u usevima babaca i doprinose efikasnijoj proizvodnji ovog voća u Ekvadoru.
Ono što se pokazalo iznenađujućim je obim pretnje koju predstavlja virus.
„Čini se da je Babaco virus mozaika (BabMV) veoma rasprostranjen fitopatogen u biljkama babaca, čak i onima koje se uzgajaju u uslovima staklene bašte. Naša studija, koja se fokusirala na rasadničke biljke babaco, naglašava rasprostranjenu prirodu i značajnu zabrinutost ovog virusa u Ekvadoru“, dr. Tores je rekao.
„Prisustvo BabMV utiče i na sigurnost hrane i na ekonomsku održivost mnogih lokalnih farmera u Ekvadoru.
„Rezultati našeg istraživanja rasvetljavaju metodologiju koja bi se mogla razviti i za druge biljne patogene koji utiču na ekonomski važne useve u celom regionu. Efikasne metode otkrivanja i dijagnostike su prvi korak u kontroli bolesti koje smanjuju proizvodnju i prinos useva. Ovo je prvi korak u kontroli bolesti koje smanjuju proizvodnju i prinos.
„Na ovaj način, prajmeri razvijeni u ovoj studiji će pomoći da se identifikuju pogođeni usevi u zemlji i započnu razvoj strategija za upravljanje bolestima uzrokovanim BabMV i njegovim najbližim rođacima.
Buduće studije će zahtevati raznovrsniju veličinu uzorka da bi se ojačala i potvrdila robusnost prajmera, rekao je dr Tores.
„Naša studija je bila ograničena na rasadničke biljke babaco sa tri različita lokaliteta u Ekvadoru, služeći kao preliminarni test naših prajmera na pristupačnoj i pristupačnoj grupi biljaka u to vreme. Naknadne studije bi trebalo da uključuju veći uzorak sa različitih lokacija kako bi se dalje potvrdilo Pored toga, buduća istraživanja bi trebalo da obuhvate biljke koje rastu na terenu, a ne samo u rasadnicima, kako bi se steklo šire razumevanje validnosti naših prajmera.
Studiju su vodile četiri ekvadorske naučnice sa Universidad San Francisco de Kito (USFK) iz Laboratorije za biotehnologiju biljaka.
