Istraživači sa Univerziteta za hemiju i tehnologiju u Pragu zajedno sa kolegama iz Instituta za vojno zdravstvo i kompanije za vodosnabdevanje i kanalizaciju iz Praga uspešno su koristili sekvenciranje zasnovano na nanoporama da bi utvrdili prevalencije varijanti SARS-CoV-2 u otpadnim vodama širom Praga.
Studija, objavljena u Chemosphere, pokazuje da epidemiologija zasnovana na otpadnim vodama (VBE) može poslužiti kao sistem ranog upozorenja za nove varijante COVID-19, potencijalno pružajući kritične podatke pre rezultata kliničkih uzoraka.
Istraživanje, sprovedeno između marta 2021. i februara 2022. godine, uključivalo je prikupljanje 300 uzoraka otpadnih voda iz različitih kanalizacionih sistema širom Praga, od kojih je 80 sekvencionirano. Ove oblasti su obuhvatale stambene zgrade, bolnice, autobuski kolodvor i glavnu prašku kanalizaciju, pokrivajući oblasti sa različitim veličinama stanovništva i dinamikom.
Studija se fokusirala na praćenje talasa alfa (B.1.1.7), delta (B.1.617.2) i omikron (B.1.1.529) varijanti.
„Naši nalazi pokazuju da se broj identifikovanih kopija SARS-CoV-2 RNK u otpadnoj vodi povećao ranije nego u kliničkim uzorcima, što sugeriše da VBE može da pruži rani indikator nadolazećih talasa infekcije“, rekla je Kamila Zdenkova, autorka studije. „Ova sposobnost ranog otkrivanja je od vitalnog značaja za sprovođenje pravovremenih intervencija javnog zdravlja.“
Studija je otkrila značajne razlike u dinamici progresije SARS-CoV-2 linija među različitim proučavanim lokalitetima. Posebno, područja sa većom gustinom naseljenosti i mobilnošću su pokazala bržu prevalenciju novih varijanti. Ovi granularni geografski podaci poboljšavaju mogućnost efikasnijeg predviđanja i upravljanja potencijalnim epidemijama.
„Praćenje pojedinačnih lokaliteta u gradu pruža vredne uvide koji nisu uvek očigledni samo iz kliničkih podataka“, rekla je Alžbeta Dostalkova, prva autorka studije. „Ovaj pristup može dati informacije o ciljanim odgovorima na epidemije, čineći strategije javnog zdravlja efikasnijim i efektivnijim.“
Sekvenciranje zasnovano na nanoporama, izabrano zbog svoje podobnosti i prihvatanja u nadzoru SARS-CoV-2, pokazalo se efikasnim u ovoj studiji. Metodologija je omogućila istraživačima da identifikuju i kvantifikuju SARS-CoV-2 RNK u uzorcima otpadnih voda, pružajući sveobuhvatan uvid u širenje virusa u Pragu.
„Ova studija naglašava važnost održavanja robusnih sistema nadzora čak i kada se pandemija COVID-19 stabilizuje“, dodala je Zdenkova. „Epidemiologija zasnovana na otpadnim vodama ostaje ključno sredstvo za praćenje i kontrolu širenja ne samo SARS-CoV-2 i njegovih varijanti, već i drugih virusa koji se izlučuju i mogu otkriti u otpadnoj vodi.
Rad istraživačkog tima predstavlja značajan doprinos razumevanju distribucije varijante SARS-CoV-2 u otpadnim vodama, ne samo u Pragu, već potencijalno i širom evropskog regiona. Ističući efikasnost VBE, ova studija podržava njegovu kontinuiranu upotrebu i razvoj kao ključne komponente infrastrukture javnog zdravlja.
