CITE-sek (ćelijsko indeksiranje transkriptoma i epitopa) je metoda zasnovana na sekvenciranju RNK koja istovremeno kvantifikuje protein na površini ćelije i transkriptomske podatke u okviru jednog očitavanja jedne ćelije. Mogućnost istovremenog proučavanja ćelija nudi uvid bez presedana u nove tipove ćelija, stanja bolesti ili druga stanja.
Dok CITE-sek rešava problem otkrivanja ograničenog broja proteina dok koristi jednoćelijsko sekvenciranje na nepristrasan način, jedno od njegovih ograničenja je visok nivo pozadinske buke koji može ometati analizu.
Da bi ispravili ovaj problem, istraživači sa Bostonskog univerziteta Chobanian & Avedisian School of Medicine i Collage of Arts and Sciences razvili su novi alat koji može identifikovati i ukloniti neželjenu pozadinsku buku koja dolazi iz različitih izvora.
„Napravili smo DecontPro, statistički model koji dekontaminira dva izvora kontaminacije koja su empirijski uočena u CITE-sek podacima“, objašnjava odgovarajući autor Džošua Kembel, dr, vanredni profesor medicine na Školi. „Može se koristiti kao važan alat za procenu kvaliteta koji će pomoći u analizi nizvodno i pomoći istraživačima da bolje razumeju molekularni uzrok bolesti“, rekao je on.
Istraživači su ispitali nekoliko javno dostupnih skupova podataka koji su profilisali različite tipove tkiva sa CITE-sek-om i pronašli novi tip artefakta, koji su nazvali „spužvastim“. Sunđeri su doprineli velikoj količini pozadinske buke u nekoliko skupova podataka. Istraživači su otkrili da DecontPro može da proceni i ukloni različite izvore pozadinske buke, uključujući kontaminaciju od sunđera, iz ambijentalnog materijala koji može biti prisutan u ćelijskoj suspenziji ili od nespecifičnog vezivanja antitela.
Masanao Iajima, dr, profesor prakse na odseku za matematiku i statistiku, kaže: „DecontPro je Bajesov hijerarhijski model. Pažljivo smo ga konstruisali tako da može da razdvoji signale od buke u jednoćelijskim skupovima podataka bez preterano agresivan.“
